• Laboratório de Ecologia Vegetal Costeira
  • Laboratório de Crustáceos Decápodes
  • Laboratório de Ecologia do Ictioplâncton,
  • Laboratório de Ecologia de Invertebrados Bentônicos,
  • Laboratório de Fitoplâncton e de Microorganismos Marinhos,
  • Laboratório de Ictiologia,
  • Laboratório de Mamíferos Marinhos e Tartarugas Marinhas,
  • Laboratório de Elasmobrânquios e Aves Marinhas
  • Laboratório de Zooplâncton;
  • Laboratório de Oceanografia Costeira e Estuarina,
  • Laboratório de Experimentação Numérica em Oceanografia 
  • Laboratório de Estudos dos Oceanos e Clima;
  • Laboratório de Hidroquimica,
  • Laboratório de Microcontaminantes Orgânicos e Ecotoxicologia Aquática
  • Unidade de Pesquisa em Cianobactérias;
  • Laboratório de Oceanografia Geológica,
  • Laboratório de Sedimentologia e
  • Laboratório de Meteorologia;
  • Laboratório de Gerenciamento Costeiro;
  • Laboratório de Recursos Pesqueiros Artesanais,
  • Laboratório de Recursos Pesqueiros Demersais e Cefalópodes,
  • Laboratório de Recursos Pesqueiros Pelágicos e
  • Laboratório de Tecnologia Pesqueira e Hidroacústica; e,
  • Laboratório de Carcinocultura,
  • Laboratório de Piscicultura Estuarina e Marinha,
  • Laboratório de Aquacultura Continental,
  • Laboratório de Cultivo de Molusco,
  • Laboratório de Qualidade de Água,
  • Laboratório de Biotecnologia de Halófitas,
  • Laboratório de Microorganismos e Probióticos,
  • Laboratório de Nutrição de Organismos Aquáticos,
  • Laboratório de Diagnósticos de Doenças de Organismos Aquáticos,
  • Laboratório de Avaliação de Impactos da Aquacultura.