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Para suas pesquisas, o Instituto utiliza o navio oceanográfico de pesquisa Atlântico Sul, com acomodações para doze pesquisadores e autonomia para 25 dias de mar; e a lancha Larus, com acomodações para seis pesquisadores e autonomia para 300 milhas náuticas A FURG ainda possui diversos botes de alumínio equipados com motor de popa de 15 cv. Estes botes são usados permanentemente para estudos nos sacos e outras zonas mais rasas da Lagoa dos Patos, onde os pesquisadores coletam amostras de água, sedimento, bentos, vegetação, plâncton, crustáceos e peixes diversos. Destacam-se os botes Professor Morales e Justino.
Para os trabalhos na região litorânea, o Instituto dispõe de veículos com tração dupla.

NAVIO OCEANOGRÁFICO ATLÂNTICO SUL

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O Navio de Pesquisa Atlântico Sul, incorporado ao patrimônio da Universidade Federal do Rio Grande – FURG em 1978, foi construído no Brasil, no estaleiro Embrasa (SC), em 1973, com casco de aço de 36 metros de comprimento, 7,85 metros de boca moldada, 3,28 metros de calado, e arqueação bruta de 257. Tem capacidade para 15 pesquisadores, mais 11 tripulantes. É uma plataforma de pesquisa para o desenvolvimento de atividades nas áreas de monitoramento do ambiente marinho nos aspectos físicos, químicos, biológicos, geológicos, na prospecção e nos estudos de dinâmica de populações de organismos pelágicos e demersais. Possui autonomia de 25 dias/mar com capacidade de amostrar com coletores especialmente desenvolvidos para pesquisa ou de tamanhos comerciais entre 10 e 1500 metros de profundidade. Pode também realizar mapeamentos do fundo oceânico até 2.000 metros de profundidade.
Por ser um dos únicos navios pertencentes a uma Instituição de Ensino Superior – IES Federal, atuou e vem atuando em todo o litoral brasileiro em vários projetos como REVIZZE, PRONEX. Já trabalhou em grandes projetos como o Ecopel, Argos, Talude, Ecosar, REVIZEE, Anchoíta, Cetáceos do Talude, Monitoramento de Baleias por Satélite, e outros, navegando desde o Chuí (extremo Sul do Brasil), até o norte da Paraíba, com projetos financiados pelo MCT, MPA, MMA, etc. Inclusive, é usado por projetos de caráter internacional que investigam a fauna marinha na costa e no talude continental.
É também o navio mais importante do Programa "Amazônia Azul - a experiência embarcada" onde alunos de graduação cumprem suas horas de embarque e aprendem muito sobre a oceanologia, em alto mar.
No ano de 2010, a FURG assinou contrato para recuperação no Navio Oceanográfico Atlântico Sul. Realizou-se a reforma geral, desde a limpeza e pintura do casco e limpeza de tanque de combustível, até a recuperação do motor. O recurso, mais de R$ 751 mil, foi oriundo da Secretaria de Educação Superior do Ministério da Educação (Sesu/MEC). A reforma foi realizada no Porto de Navegantes, em Santa Catarina, onde fica o Estaleiro Maccarini, que foi responsável por duas outras reformas no navio.
Mais recentemente, o NOc Atlântico Sul esteve envolvido em projetos de prospecção dos recursos pesqueiros de sardinha e anchoita no litoral sul-sudeste brasileiro, do projeto Avaliação da Distribuição e Abundancia dos Cetáceos no Talude e Plataforma Externa do Sudeste-Sul do Brasi, e no projeto “A Experiência Embarcada”, financiado pelo MPA, que vem complementando ensino prático embarcado dos alunos de Oceanografia de Universidades Federais e Privadas do Brasil.

LANCHA LARUS

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A Lancha Larus, da Universidade Federal do Rio Grande, foi construída em 1978 em fibra e madeira. Tem um comprimento externo de 15,32 metros e boca moldada de 5,05 metros.
Atua no estuário da Laguna dos Patos e nas regiões lacunares do sistema Patos-Mirim. Tem capacidade de operar redes de pesca de dimensões compatíveis com aquelas utilizadas pela pesca artesanal e adaptadas a zonas costeiras e de interior do estuário, operando entre as profundidades de 2 a 40 metros. Tem capacidade para 6 pesquisadores e 4 tripulantes.
Sua atividade vem sendo largamente direcionada para os estudos das características da água e a ictiofauna da nossa região, e também de monitoramento do Porto de Rio Grande, cobrindo as áreas biológica, química, física e geológica.