- Laboratório de Ecologia Vegetal Costeira
- Laboratório de Crustáceos Decápodes
- Laboratório de Ecologia do Ictioplâncton,
- Laboratório de Ecologia de Invertebrados Bentônicos,
- Laboratório de Fitoplâncton e de Microorganismos Marinhos,
- Laboratório de Ictiologia,
- Laboratório de Mamíferos Marinhos e Tartarugas Marinhas,
- Laboratório de Elasmobrânquios e Aves Marinhas
- Laboratório de Zooplâncton;
- Laboratório de Oceanografia Costeira e Estuarina,
- Laboratório de Experimentação Numérica em Oceanografia
- Laboratório de Estudos dos Oceanos e Clima;
- Laboratório de Hidroquimica,
- Laboratório de Microcontaminantes Orgânicos e Ecotoxicologia Aquática
- Unidade de Pesquisa em Cianobactérias;
- Laboratório de Oceanografia Geológica,
- Laboratório de Sedimentologia e
- Laboratório de Meteorologia;
- Laboratório de Gerenciamento Costeiro;
- Laboratório de Recursos Pesqueiros Artesanais,
- Laboratório de Recursos Pesqueiros Demersais e Cefalópodes,
- Laboratório de Recursos Pesqueiros Pelágicos e
- Laboratório de Tecnologia Pesqueira e Hidroacústica; e,
- Laboratório de Carcinocultura,
- Laboratório de Piscicultura Estuarina e Marinha,
- Laboratório de Aquacultura Continental,
- Laboratório de Cultivo de Molusco,
- Laboratório de Qualidade de Água,
- Laboratório de Biotecnologia de Halófitas,
- Laboratório de Microorganismos e Probióticos,
- Laboratório de Nutrição de Organismos Aquáticos,
- Laboratório de Diagnósticos de Doenças de Organismos Aquáticos,
- Laboratório de Avaliação de Impactos da Aquacultura.
