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Núcleo de Aquicultura e Biotecnologia Marinha
- Coordenador: Luís Henrique da Silva Poersch
- Coordenador Adjunto: Marcelo Borges Tesser
Núcleo de Oceanografia Biológica
- Coordenador: Erik Muxagata
- Coordenador Adjunto: Luiz Felipe Cestari Dumont
Núcleo de Oceanografia Física
- Coordenador: Rodrigo Kerr Duarte Pereira
- Coordenador Adjunto: Carlos Augusto França Schettini
Núcleo de Oceanografia Geológica
- Coordenadora: Salette Amaral Figueiredo
- Coordenador Adjunto: Jorge Arigony Neto
Núcleo de Oceanografia Química
- Coordenador: Carlos Francisco Ferreira de Andrade
- Coordenadora Adjunta: Mônica Wallner-Kersanach
Núcleo de Gerenciamento Costeiro
- Coordenadora: Roberta de Souza Pohren
- Coordenador Adjunto: Eduardo Dias Forneck
Núcleo de Recursos Renováveis
- Coordenadora: Danielle da Silveira Monteiro
- Coordenador Adjunto: Stefan Cruz Weigert
Curso de Oceanologia
- Coordenador: Leopoldo Rota de Oliveira
- Coordenador Adjunto: Maurício Shimabukuro
Curso de Tecnologia em Gestão Ambiental – Rio Grande
- Coordenador: Paulo Roberto Armanini Tagliani
- Coordenadora Adjunta: Ana Clara Alves Justi
Curso de Tecnologia em Gestão Ambiental – São Lourenço do Sul
- Coordenadora: Juliana Prevedello
- Coordenadora Adjunta: Lúcia de Fátima Socowski de Anello
Programa de Pós-Graduação em Aquicultura
- Coordenador: Geraldo Kipper Föes
- Coordenador Adjunto: Ronaldo Olivera Cavalli
Programa de Pós-Graduação em Oceanologia
- Coordenadora: Grasiela Lopes Leães Pinho
- Coordenadora Adjunta: Elisa Helena Leão Fernandes
Programa de Pós-Graduação em Oceanografia Biológica
- Coordenadora: Silvina Botta
- Coordenador Adjunto: Rafael Borges Mendes
